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Manuel J.T. Carrondo Lab

Animal Cell Technology Unit

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Our research is centered on integrative development of bioprocesses for complex biopharmaceuticals namely vaccines, recombinant proteins, viral vectors for gene therapy and cells/stem cells for cell therapy applications.

 

Manuel J.T. Carrondo
Professor Catedrático, ITQB NOVA/IBET/FCT-UNL
PhD in 1979, Environmental Engineering, Imperial College, London

Phone (+351) 214469469 | Extension 1469
mjtc@itqb.unl.pt

short CV

 

 

Research Interests

Within the Animal Cell Technology Unit (ACTU), the Engineering Cellular Applications Laboratory integrates upstream and downstream processes with physico – mathematical tools towards the development of bioprocesses for complex and novel biopharmaceuticals. Simplicity, feasibility, transferability and economics are criteria used to design processes that may find industrialization opportunities. Having started with post-translational modified protein biopharmaceuticals in the early 90s, such criteria, design and process applications have been extended to vaccines (e.g. multivalent Influenza VLPs, retro-VLPs, HIG Gag-VLPs, ZIKV-VLPs, viral vaccines…) and viral vectors for gene therapy (e.g. adenoviruses, retroviruses, lentiviruses, AAVs,…), drawing from the expertise and research achievements of the other labs in the ACTU. In the Engineering Cellular Applications Laboratory, bioprocess development comprises the optimization of mammalian and insect cells expression systems (stable or transient expression), evaluation of different bioreactor operation modes (e.g. fed-batch and perfusion), application of scale-down models for high-throughput screening, design of novel continuous purification processes, modelling towards biological and chemical process control, and scale-up for pre-clinical applications. More recently, metabolic systems biology (e.g. 13C tracer experiments for fluxome estimation and exometabolome profiling by 1H-NMR) has been assisting bioprocess development in areas such as cancer cell metabolism (e.g. lung and breast), brain cell metabolism in normal and pathological conditions, stem cell metabolism along cardiac and neural differentiation, and cell metabolic response to virus infection.

 

Group Members

  • Ana Barbas, PhD, Head Bayer Satellite Lab

  • Cristina Peixoto, PhD, Head Downstream

  • António Roldão, PhD, Senior Scientist

  • Ricardo Silva, PhD, Scientist

  • Inês Isidro, PhD, Scientist

  • João Vidigal, PhD Student (co-supervision with Ana Teixeira)

  • Sofia Carvalho, PhD Student (co-supervision with Cristina Peixoto)

  • Mafalda Dias, PhD Student (supervision of António Roldão)

  • Hélio Tomás (co-supervision with Ana Sofia Coroadinha)

  • João Sá, PhD Student (co-supervision with Ana Teixeira)

  • Alexandre Murad, PhD Student (co-supervision with António Roldão)

  • Marcos Sousa, Bioprocess Engineer, PhD Student (co-supervision with António Roldão)

  • Daniela Sequeira, MSc

  • Ricardo Correia, MSc

  • Barbara Fernandes, MSc

  • Gonçalo Real, PhD, Assistant Researcher, Coordinator of Research Contracts


Selected Publications

  1. Sofia B. Carvalho, João M. Freire, Mafalda G. Moleirinho, Francisca Monteiro, Diana Gaspar, Miguel A. R. B. Castanho, Manuel J. T. Carrondo, Paula M. Alves, Gonçalo J. L. Bernardes and Cristina Peixoto (2016) “Bioorthogonal Strategy for Bioprocessing of Specific-Site-Functionalized Enveloped Influenza-Virus-Like Particles”, Bioconjugate Chem., 27 (10): 2386–2399.

  2. Carinhas N, Pais DAM, Koshkin A, Fernandes P, Coroadinha A, Carrondo MJT, Alves PM, Teixeira AP (2016) “Metabolic flux profilling of MDCK cells during growth and canine adenovirus vector production”, Scientific Reports 6: 23529.

  3. Cunha B, Silva RJ, Aguiar T, Serra M, Daicic J, Maloisel JL, Clachan J, Åkerblom A, Carrondo MJ, Peixoto C, Alves PM (2016) “Improving washing strategies of human mesenchymal stem cells using negative mode expanded bed chromatography”, Journal of Chromatography A, 15;1429:292-303.

 

ACT Unit Website

For further information please visit the ACT webpage 

 

Laboratório de Engenharia Celular (PT)

Dentro da Unidade de Tecnologia de Células Animais (UTCA), o Laboratório de Engenharia Celular integra processos de produção e purificação com ferramentas físico-matemáticas de modo a desenvolver bioprocessos para obtenção de novos e complexos biofármacos. Os critérios de simplicidade, exequibilidade, transferência e economicidade surgem como essenciais para a criação de oportunidades de industrialização. A actividade iniciada no dealbar da década de noventa em proteínas com modificações pos-translacionais foi sendo alargada a vacinas (e.g. VLPs de Influenza, retro-VLPs, HIG Gag-VLPs, ZIKV-VLPs, vacinas virais…) e vectores virais para terapia génica (e.g. adenovirus, retrovirus, lentivirus, AAVs,…), baseada na competência e investigação desenvolvida pelos dois outros laboratórios da UTCA. No Laboratório de Engenharia Celular, o desenvolvimento de bioprocessos compreende a optimização de sistemas de expressão de células de mamíferos e de insecto (expressão estável ou transiente), avaliação de diferentes modos de operação de bioreactor (e.g. “fed-batch” e perfusão), aplicação de modelos de redução de escala para otimização de parâmetros de produção, desenho de novos processos de purificação operados em contínuo, modelação matemática para controlo de processos biológicos e químicos, e aumento de escala para aplicações pré-clínicas. Mais recentemente, biologia de sistemas (e.g. uso de carbono marcado para estimativa de fluxos metabólicos e analise do metabolismo extracelular por 1H-NMR) tem vindo a auxiliar o desenvolvimento de bioprocessos em áreas como o metabolismo de células cancerígenas (e.g. pulmão e mama), metabolismo de células cerebrais em condições normais e patológicas, metabolismo de células estaminais ao longo da diferenciação cardíaca e neural, e resposta metabólica celular à infecção por um vírus.

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